เราขึ้นไปชมชั้น 2 กันต่อ ซึ่งเป็นพิพิธภัณฑ์การปรุงยาสมุนไพรแบบต่างๆ และการใช้ยาในการรักษาที่มีทั้งยาสำหรับดื่มกิน ยาสำหรับการชะล้าง ยาสำหรับการประคบ ขั้นตอนการปรุงก็มีการต้ม การบดผสม การตำ ฯลฯ การนำเสนอเป็นรูปแบบการ์ตูน แล้วก็ย่อส่วนให้เล็กจิ๋ว น่ารัก ให้เราเรียนรู้เรื่องยาสมุนไพรแบบเข้าใจง่ายดี
นอกจากนี้ มีการจัดแสดงหนังสือและตำรายาโบราณ และหินบดยาในสมัยทวารวดี โดยกรมศิลปากรได้ขึ้นทะเบียนเป็นโบราณสถานแล้ว มีห้องเครื่องดนตรี ห้องยาและตำรายา